В този конфликт хората и гунганите се обединяват против Търговската федерация. Битката за Набу започва, когато Търговската федерация завладява мирната планета Набу. Тя налага тежки данъци за търговските пътища. Принцеса Амидала успява да избяга от планетата и да се обърне за помощ към Галактическия сенат. За съжаление никой не я подкрепя. Тя отново се връща на планетата Набу с джедая Куай-Гон Джин и неговия ученик Оби-Уан Кеноби. С тях е и малкият Анакин Скайуокър.

С помощта на Джар Джар Бинкс Амидала успява да открие Бос Нас, който стои начело на гунганите. Заедно те преодоляват многогодишните разногласия и се обединяват пред лицето на общия враг. За да победи Търговската федерация, Амидала и нейните съюзници разработват смел план. Гунганите трябва да привлекат вниманието на армията на дроидите на Търговската федерация към себе си . Набуанците и джедаите, проникват в кралския дворец Тийд по тайни подземни тунели.

Тази битка е победна за борците за свобода. Те понасят големи жертви. Гунганите доблестно се сражават. Дарт Мол убива Куай-Гон Джин, но пада убит от ръцете на Оби-Уан Кеноби. Принцеса Амидала и нейните хора успяват да хванат Нют Гънрей, въпреки обстоятелството, че се оказват затворени в тронната зала. Накрая малкият Анакин Скайуокър успява да прилети в главния хангар на станцията за управление на дроидите и да унищожи гигантския реактор на космическия кораб. Станцията се разбива и се разпръсква на отделни парчета, а армията на дроидите на Търговската федерация е напълно безпомощна.

След битката за Набу Нют Гънрей и неговият заместник Рун Хаако са арестувани от Републиката. Гунганите и набуанците сключват мир, а Анакин Скайуокър става падауан на Оби-Уан Кеноби.